Jean-Hilaire Aubame est né le 10 novembre 1912 à Libreville. Il est issu de la tribu Essinzick de l’ethnie Fang. À l’âge de huit ans, il perd son père puis, à onze ans, sa mère. Orphelin, il est accueilli à l’école catholique de Donguila où il rencontre en 1926, un an avant de quitter la mission, l’abbé Jean Obame, demi-frère aîné de Léon Mba. Après avoir accompli sa scolarité dans des missions catholiques, Donguila et le Séminaire St-Jean, il entre dans l’administration des douanes le 24 mars 1931. D’abord nommé à Libreville en 1931, il est muté en 1935 à Bangui puis prend en 1936 la direction des douanes de Brazzaville. Cette année-là, il cofonde la Mutuelle gabonaise avec le frère de l’homme politique gabonais Louis Bigmann.

À la suite de l’Appel du 18 juin 1940, il rejoint la France libre et est envoyé en mission au Gabon afin de rallier les populations au général de Gaulle. À Libreville, il rencontre le gouverneur-général de l’AEF Félix Éboué qui l’intègre le 23 février 1943 à son administration. D’autre part, le 1er janvier 1944, Aubame est élu président de la commission municipale de Poto-poto à Brazzaville, poste qu’il occupe jusqu’au 10 novembre 1946. Après la mort d’Eboué en mars 1944, Aubame travaille comme conseiller auprès du nouveau gouverneur-général André Bayardelle et de son secrétaire André Soucadaux. Ces derniers l’encouragent à se présenter aux élections législatives, ouvertes désormais aux autochtones. Il retourne donc au Gabon faire campagne, où il reçoit le soutien de l’administration et des missionnaires.

Jean Hilaire Aubame se présente donc comme candidat du collège des non-citoyens du Gabon aux élections pour l’Assemblée nationale Constituante de 1945, mais n’est pas élu. Il est également battu aux élections pour la seconde Assemblée nationale Constituante de 1946.

Le 10 novembre 1946, Jean Hilaire Aubame, qui se présente toujours au nom de la SFIO, est élu député du Gabon à l’Assemblée nationale, avec 7 069 voix sur 12 528 suffrages exprimés. Très intéressé par les questions spécifiquement africaines, il est régulièrement nommé, de 1946 à 1951, membre de la Commission de la marine marchande, des Commissions de la presse, des moyens de communication, du travail et de la sécurité sociale. Suivant les positions de son groupe, Jean Hilaire Aubame vote, le 17 décembre 1946, la confiance au cabinet Blum, et soutient, par son vote, la candidature de Vincent Auriol comme président de la République (16 janvier 1947). Il vote également pour la question de confiance à la suite de laquelle le président Ramadier se sépare des ministres communistes (4 mai 1947), et pour le statut de l’Algérie (27 août 1947).

En 1949, il est nommé membre de la Commission des territoires d’outre-mer et, en 1951, de celle des immunités parlementaires. Très actif, Jean Hilaire Aubame se signale d’autre part par le dépôt de plusieurs propositions de loi ou de résolution concernant notamment l’institution d’un code du travail pour les territoires français d’Afrique, ainsi que le régime des communes en Afrique équatoriale française. Il vote, le 9 juillet 1949, pour le conseil de l’Europe.

Jean Hilaire Aubame est réélu le 17 juin 1951, cette fois comme « candidat indépendant », député du Gabon pour la seconde législature, avec 17 329 voix sur 29 203 suffrages exprimés. A l’Assemblée nationale, il est vice-président, puis président (4 mai 1955) du groupe parlementaire des Indépendants d’outre-mer.

Particulièrement attaché à la solution des problèmes spécifiques aux populations africaines, notamment dans les domaines des conditions de vie, de l’aménagement des centres urbains, de l’économie et de l’autonomie alimentaire, il devient membre, puis, de 1953 à 1955, vice-président de la Commission des territoires d’outre-mer. Egalement membre de la Commission de la marine marchande et des pêches, il remplit la charge de secrétaire de cette Commission. Il intervient fréquemment dans les discussions et dépose notamment une proposition de loi pour augmenter la représentation des territoires d’outre-mer et des territoires associés au Conseil économique.

Il vote, le 29 septembre 1951, pour l’échelle mobile des salaires, puis, le 30 août 1954, contre la question préalable déposée à l’encontre du projet de ratification du traité de Paris sur la communauté européenne de défense (CED), question dont l’adoption conduit au rejet du traité. Cette même année, il s’abstient lors du vote sur les accords de Londres (12 octobre). Le 4 février 1955, il vote pour la question de confiance posée à propos de la situation en Afrique du nord, et dont le rejet devait entraîner la chute du Gouvernement Mendès France.

A nouveau réélu député du Gabon le 2 janvier 1956 pour la troisième législature, avec 26 712 voix sur 57 031 suffrages exprimés, Jean Hilaire Aubame poursuit son travail en commission ; il est membre de la Commission de la marine marchande et des pêches, dont il assure à nouveau le secrétariat en 1956 et 1957, et est également membre de la Commission des territoires d’outre-Mer. Défenseur de la notion d’une République française fédérale, Jean Hilaire Aubame est, à nouveau, élu président du groupe parlementaire des Indépendants d’outre-mer (20 janvier 1956). Il dépose une proposition de loi relative à la formation des Assemblées territoriales d’Afrique occidentale et d’Afrique équatoriale française et vote, le 12 mars 1956, pour les pouvoirs spéciaux en Algérie.

Bien que n’ayant pas pris part, en tant que député en France, au vote du 1er juin 1958, qui accorde la confiance au général de Gaulle sur son programme et sa politique, il appelle à voter « oui » au référendum sur la Communauté franco-africaine du 28 septembre 1958.

L’indépendance du Gabon est proclamée le 17 août 1960. Il accepte pour les élections législatives du 12 février 1961, de former avec Mba des listes d’union nationale dans lesquelles son parti ne reçoit que 30% des sièges. Jean-Hilaire Aubame est nommé le 25 février président de la Cour suprême. Par la suite, prétextant d’une incompatibilité de fonctions avec celles de parlementaire, Mba réclame sa démission de l’Assemblée. Aubame résout le problème en démissionnant de son poste de président de la Cour suprême.

Dans la nuit du 17 au 18 février 1964, aux environs de cinq heures du matin, 150 militaires gabonais dirigés par les lieutenants Jacques Mombo et Valère Essone, arrêtent le président Léon Mba, le président de l’Assemblée nationale Louis Bigman, et plusieurs ministres. Par la radio, les militaires annoncent au peuple gabonais le coup d’État. Jean-Hilaire Aubame se voit offrir la présidence du gouvernement provisoire. Il n’est composé que de personnalités politiques civiles, provenant aussi bien de l’UDSG que du BDG comme Paul Gondjout. Quant aux putschistes, ils se contentent d’assurer la sécurité civile.

Le 25 août 1964 débute son procès à Lambaréné Accusé d’avoir organisé des réunions subversives avant le coup d’État, présenté comme le « mauvais génie » des autres accusés, Jean-Hilaire Aubame est condamné à l’issue de ce procès à 10 ans de travaux forcés et 10 ans d’interdiction de séjour. Il tente alors avec les autres condamnés du procès un recours contre la validité de la Cour de sûreté de l’État (qui avait été constituée par le président Mba) mais en vain.

En 1972, Omar Bongo (le successeur de Léon Mba à la présidence) le libère. Aubame s’exile alors à Paris. Autorisé à rentrer au Gabon, il se rend en 1981 à Libreville où Bongo l’accueille et le nomme « conseiller spécial » à titre honorifique. Bien que n’étant pas partisan du parti d’opposition clandestin MORENA, sa maison est victime le 12 décembre 1984 d’un attentat perpétré par des extrémistes pro-gouvernementaux. Aubame et sa famille en réchappent de peu. Il décède finalement à Libreville, le 16 août 1989.